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基因组测序可以用tophat比对吗?

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基因组测序可以用tophat比对吗?

  • 发表于:2014-12-24
  • 8条评论
  • 求指教:tophat中--library-type的说明

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    在Tophat中--library-type有三个选项 fr-unstranded fr-firststrand fr-secondstrand 这三个选项分别是什么意思呢?看了说明感觉还是不懂。 通常illumina的建库程序,pair-end的第一个read和第 ...

  • 发表于:2014-2-20
  • 2条评论
  • tophat和cufflinks中可不可以用reads整合以后的fasta文件

    1282

    求助各位高手,初接触tophat和cufflinks,有许多地方不甚了解,想问一下,我的序列文件为reads整合了的fasta格式,这样的文件跑tophat和cufflinks得到的FPKM是怎么算的,整合的reads会如实计算 ...

  • 发表于:2013-8-20
  • 2条评论
  • Tophat运行失败:segment-based junction search failed with err =1

    64

    Tophat的介绍及使用不再多述,此前论坛有帖子介绍了Tophat Debug的全攻略 Tophat-Cufflinks转录组分析流程Debug全攻略 http://seq.cn/6813-79 最近在做测序分析,又碰到了tophat比较奇葩的异常 ...

  • 发表于:2013-1-22
  • 5条评论
  • 用tophat之前的bowtie-index是怎么建立的?

    151

    在用tophat之前,需要建立一个bowtie-index,想问一下这个bowtie-index是怎么建立的,各位大侠给讲讲,谢谢

  • 发表于:2013-1-5
  • 8条评论
  • 链特异性双端RNA-seq测序,tophat结果中 XS:A 错误,怎么解决

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    大家好,在处理链特异性双端测序RNA-Seq时遇到这样一个问题,请教是怎么回事? H2208:7439:9018 pPr1 chr1 4887061 50 100M = 4887050 -111 XS:A:+ NH:i:1 H2208:7439:9018 pPR ...

  • 发表于:2012-11-12
  • 5条评论
  • tophat运行失败,切分输入文件后运行正常

    112

    最近一批数据跑tophat时,其中有一个文件总是报异常(原文件为8.8G,单端测序)。 Tophat异常提示为 Preparing reads Error retrieving prep_reads info. Error: beginning of quality values ...

  • 发表于:2012-11-5
  • 2条评论
  • tophat参数之--no-discordant 和 -r

    70

    tophat 中的参数--no-discordant是什么意思? discordant和concordant怎么区分?是paired end数据两端全部map叫concordant?还是只要有一边map上就叫concordant? 这个是不是说1142对都不是pai ...

  • 发表于:2012-11-3
  • 9条评论
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