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所有内容: RNA测序X cufflinksX 详细

转录本构建评估

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我用cuffcompare得到:cuffcmp.merged.gtf.refmap和cuffcmp.merged.gtf.tmap两个文件,接下去怎么做转录本评估呀:cuffcmp.merged.gtf.refmap的格式如下;cuffcmp.merged.gtf.tmap的格式如下; ...

  • 发表于:2015-2-2
  • 2条评论
  • 进行差异表达分析时,选用哪种软件好?

    150

    在RNA-seq进行差异分析时,请问edgeR,DEseq还有cufflinks的适用范围,还有优缺点是什么?还有所采用的数据源有什么不同和有什么处理要求? ...

  • 发表于:2014-12-24
  • 11条评论
  • tophat和cufflinks中可不可以用reads整合以后的fasta文件

    1282

    求助各位高手,初接触tophat和cufflinks,有许多地方不甚了解,想问一下,我的序列文件为reads整合了的fasta格式,这样的文件跑tophat和cufflinks得到的FPKM是怎么算的,整合的reads会如实计算 ...

  • 发表于:2013-8-20
  • 2条评论
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