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Cytoscape基础教程笔记

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文章目录 [*]第一课 新手上路 [*]第三课 获取外部数据 [*]第四课 表达分析 [*]第五课 使用Agilent Literature Search插件 [*]第六课 GO分析 [*]第七课 模块和复合物 [*]第八课 整合网络服务提 ...

  • 发表于:2015-8-10
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  • Pathway和GO功能分析及显著性判断

    122

      MAS系统整合了来源于KEGG、BioCarta和GenMAPP三个公共Pathway数据库的信息,可分析差异基因所在Pathway,以及某个Pathway中基因富集度的显著性水平。通过统计分析,选择合适的计算方法计算 ...

  • 发表于:2015-8-10
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  • Go程序性能分析pprof

    14

    参考:http://blog.golang.org/profiling-go-programshttp://google-perftools.googlecode.com/svn/trunk/doc/cpuprofile.html Go语言的pprof是Google C++ profiler的移植,所以用法也差不多。 ...

  • 发表于:2015-8-10
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  • Pathway和GO功能分析及显著性判断

    53

    GO分析 根据挑选出的差异基因,计算这些差异基因同GO 分类中某(几)个特定的分支的超几何分布关系,GO 分析会对每个有差异基因存在的GO 返回一个p-value,小的p 值表示差异基因在该GO ...

  • 发表于:2015-8-10
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  • GO/KEGG富集分析enrichment analysis

    91

    本教程使用GOstats来对给定的基因symbols做富集分析。> library("org.Hs.eg.db")> library("GSEABase")> library("GOstats")> genes <- c("AREG", "FKBP5", "CXCL13", "KLF9", "ZC3H12A", "P4HA ...

  • 发表于:2015-8-10
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  • 关于GO功能显著性富集的生物学意义?

    158

    对于GO功能显著性分析我有些疑问,请高手指教,谢谢~!关于GO显著性富集的描述是:GO功能显著性富集分析给出与基因组背景相比,在差异表达基因中显著富集的GO功能条目,从而给出差异表达基因与 ...

  • 发表于:2013-8-29
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  • 求教新手怎么做GO分析

    88

    有没有简单的流程

  • 发表于:2013-5-10
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  • GO分析求助

    103

    RT,我看很多文章里有做的这种图,就是GO聚类之后再把这些GO的分类进行分析,看相互之间的关联性,有没有人做过这个啊?这个是怎么做的呢???急急。。。{:soso_e150:}{:soso_e150:} ...

  • 发表于:2012-11-16
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  • 什么是Gene Ontology?

    71

    Ontology: 哲学中称为本体论/存在论,这里本质是指一系列特定的文字可用来形容一些特定的模式、元件或角色,因此在国外的华人生物信息学家中试译为语义(学)。 GO(gene ontology)对大家而言 ...

  • 发表于:2012-7-20
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  • 求一台能用于blast2go分析的电脑配置

    104

    现在有一些EST(大约3万条)想进行blast2go分析, 请教一下,台式电脑该如何配置呢? 非常感谢大家的关注和提供建议!

  • 发表于:2012-7-20
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