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如何用GraPhlAn实现进化树的可视化及注释?

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如何用GraPhlAn实现进化树的可视化及注释? 前段时间,小锐推荐了进化树界的“美图秀秀”ITOL,教大家提高进化树颜值。今天,咱们继续来“种树”,看看GraPhlAn是如何实现进化树分析的。 I、Gra ...

  • 发表于:2016-12-23
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  • 教你用Megan进行宏基因组分析

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    本帖最后由 realbio 于 2016-12-16 11:25 编辑 教你用Megan进行宏基因组分析Megan,一款非常简单好用的宏基因组分析软件。可惜没有中文使用教程,令许多初学者累觉不爱。今天,小锐就来教大 ...

  • 发表于:2016-12-16
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  • Illumina测序原理终极篇:测序!

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    本帖最后由 realbio 于 2016-12-15 17:07 编辑 Illumina测序原理终极篇:测序! 构建好测序文库,再将文库DNA片段成功结合到Flow Cell上扩增到成千上万的簇后,illumina测序仪终于该出场了。 ...

  • 发表于:2016-12-15
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  • 给你最直观的Illumina测序三部曲 | 1:文库制备

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    给你最直观的Illumina测序三部曲 | 1:文库制备提到Illumina测序平台,大家都不会陌生。可你真的了解它们吗,你能简单明了地向“吃瓜群众”解释它们的测序原理吗?跟着小锐来梳理、巩固一下Illu ...

  • 发表于:2016-12-12
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  • 支持向量机第1讲:生物数据分类的战斗机

    21

    支持向量机第1讲:生物数据分类的战斗机 随着高通量测序技术的发展,其以高输出量与高解析度的特性,为我们提供了丰富的遗传学测序数据,在生物信息学中得到了广泛应用。正是因为基因大数据有 ...

  • 发表于:2016-11-17
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  • 实力干货 | 特征选择详解(下):缠绕法

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    实力干货 | 特征选择详解(下):缠绕法PSO-selection(粒子群算法)简介 1995年,Kennedy和Eberhart受鸟群觅食模型的启发,提出了PSO算法。在PSO算法中,每个潜在解可以看作是觅食的鸟群中的一 ...

  • 发表于:2016-11-8
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  • 实力干货 | 特征选择详解(上):过滤法

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    本帖最后由 realbio 于 2016-10-26 15:58 编辑 实力干货 | 特征选择详解(上):过滤法随着生物信息学的兴起,高通量测序技术得到快速发展。其可以快速准确地生成大量的微阵列基因表达谱数据 ...

  • 发表于:2016-10-26
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  • 16S与宏基因组测序的疑惑,你是否也中过招?

    54

    16S与宏基因组测序的疑惑,你是否也中过招? 作为微生物测序研究的常用手段,16S等扩增子测序与宏基因组测序经常被拿来比较。we all know宏基因组可深入到基因水平进行代谢研究,但二者还有哪些 ...

  • 发表于:2016-9-27
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  • 一款高大上的分析:差异物种与代谢通路关联分析

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    本帖最后由 realbio 于 2016-9-21 11:43 编辑 一款高大上的分析:差异物种与代谢通路关联分析差异物种与代谢通路关联分析,主要用来研究不同组中差异物种对代谢通路的贡献率。分析步骤三步走 ...

  • 发表于:2016-9-21
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  • 干货| 你所要知道的宏基因组关联分析知识都在这里

    66

    干货| 你所要知道的宏基因组关联分析知识都在这里Nature于今年7月6日紧随Science4月29日的特刊,推出业内顶级专家主笔的6篇有关“肠道菌群-宿主相互作用”的重量级综述和观点透视专辑,提供了肠 ...

  • 发表于:2016-9-20
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  • 家庭微生物组会透露你的哪些小秘密?

    13

    家庭微生物组会透露你的哪些小秘密?原创 2016-08-31 锐翌基因 据统计,人体内大约有100万亿个微生物,是人体细胞的10倍,其编码的基因约是人体编码基因数量的100倍。这些微生物主要存在于人 ...

  • 发表于:2016-9-8
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  • 测序数据的duplicates

    37

    请问测序数据比对后一定要去除duplicates吗?一次实验中duplicates的比例占多少是合理的? 谢谢!

  • 发表于:2016-9-7
  • 2条评论
  • 【5分钟小课堂第1弹】深入解析宏基因组大数据,关键靠...

    40

    【5分钟小课堂】深入解析宏基因组大数据,关键靠这四大法宝!得益于第二代和第三代高通量测序技术的飞速发展,宏基因组学(Metagenomics)正日益成为微生态研究和应用开发的焦点,并已取得一 ...

  • 发表于:2016-9-6
  • 0条评论
  • human chimpanzee rat 甲基化差异区域分析

    18

    请教一下,我想分析human、chimpanzee、rat一组织的甲基化差异区域,请问怎么处理CpG位点坐标不一致的问题? Mol Biol Evol-2016-Mendizabal Comparative Methylome Analyses Identify Ep ...

  • 发表于:2016-8-31
  • 0条评论
  • 16S测序和宏基因组测序的差别

    60

    本帖最后由 realbio 于 2016-8-17 16:28 编辑 16S测序和宏基因组测序的差别16S rDNA测序:指对样本的16S rDNA 可变区(V1-V9区)的某一段进行PCR扩增,采用高通量测序仪器进行测序。主要是对特 ...

  • 发表于:2016-8-17
  • 0条评论
  • 最后一周的报名时间,等你来!天津生物芯片三代生物信...

    22

    本帖最后由 天津生物芯片 于 2016-7-15 15:37 编辑 史上最牛的三代生物信息交流会 进入倒计时报名,2016年7月18日截止啦! 您准备好了吗? ...

  • 发表于:2016-7-15
  • 0条评论
  • 百迈客云平台用起来复杂么?在考虑是否开通一个账号

    43

    最近听他们业务员讲可以直接在平台上运行原始数据进行数据的处理和后续分析的,不需要生信背景,不知道是不是真的可以实现,有没有用过的朋友介绍一下吧,谢谢! ...

  • 发表于:2016-7-5
  • 1条评论
  • 拼接组装

    28

    用bowtie2处理了clean data,得到了sam文件,现在用perl编码提取sam文件里的同源reads,但是自己不太精通perl,脚本运行一直报错。想问一下,还有没有其他处理sam文件得到同源reads的方法? ... ...

  • 发表于:2016-7-3
  • 0条评论
  • 四大常见农作物的基因组研究,大家关注点都在哪?

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    本帖最后由 realbio 于 2016-6-29 15:45 编辑 四大常见农作物的基因组研究,大家关注点都在哪?做研究,不能一味低头做自己的。看看大家都在研究什么,或许能更有助于自己进步,选择与努力缺 ...

  • 发表于:2016-6-29
  • 0条评论
  • 16S测序及区域选择小科普

    40

    本帖最后由 realbio 于 2016-6-29 14:38 编辑 16S测序及区域选择小科普 在高通量测序的时代,“16S测序”在各大杂志期刊、学术报告及重大会议中频繁出现,那么你真正了解16S测序吗?为什么选 ...

  • 发表于:2016-6-29
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