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转录组与长非编码RNA测序分析第三讲

时间:2014-12-24 15:00  来源:测序中国 ( )
摘要:实例讲解长非编码RNA测序及分析方案...

测序中国的小伙伴们,大家好!由中科院卜德超博士主讲的【从零学测序】之转录组与长非编码RNA测序分析视频,已于12月20号晚顺利结束!现在将录制的视频公布,欢迎大家观看。

小伙伴们可以加测序中国官方微信:seq114,了解测序中国最新最权威资讯。

如果对内容有疑惑的地方或者有自己的见解,欢迎在论坛的【从零学测序】讨论专区发帖!共同学习,互相进步!





本课笔记

长非编码RNA测序分析实战讲解之测序质量评估和Reads回贴

1、长非编码RNA测序介绍

长非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs):是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs

长非编码RNA测序:通过测序技术,获得某个物种或特定细胞在某一生理条件下产生的所有的长非编码RNA

2、长非编码RNA分析方案

3、测序实例讲解

1)取样:晚期肝癌病人的肝组织(共4个)

癌旁组织(N)、原发灶(P)、转移灶(M)、门脉血栓转移灶(V)

2)RNA测序

Illumina Hiseq 2000测序

文库插入片段长300bp

双端测序 reads长度为100bp

D-UTP链特异性文库

3)转录组分析的通用套路

4)本课实例涉及流程

4、步骤一详解:Reads质量评估

5、步骤二详解:基因组比对

6、附录:运行命令

本课,卜老师详细讲解了转录组分析需要用到的软件以及运行命令,但大家实际操作的时候,会发现可能会遇到运行不通畅的地方。因此,同学们还是需要掌握Linux系统操作,才能快速解决所遇到的问题!



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作者简介
作者:小小测序君
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