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转录组与长非编码RNA测序分析第四讲

时间:2014-12-27 16:52  来源:测序中国 ( )
摘要:转录本重构及长非编码RNA鉴定的实例讲解...

测序中国的小伙伴们,大家好!【从零学测序】之转录组与长非编码RNA测序分第四讲:转录本构建和长非编码RNA鉴定1227号晚直播答疑!现在将录制的视频公布,欢迎大家观看。

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本课笔记

大家还记得上节课,我们关注的是哪一部分吗?


1、测序实例讲解

取样:晚期肝癌病人的肝组织(共4个)

癌旁组织(N)、原发灶(P)、转移灶(M)、门脉血栓转移灶(V)

2、转录本的构建

1)转录本构建工具

Cufflinks(推荐):报出最少的可变剪切组合,力求转录本更长

Scripture:报出最全的可变剪切组合,力求转录本更全

2)Cufflinks软件套装讲解

Cufflinks(转录本构建、FPKM表达定量)

Cuffcompare(转录本比较、合并转录本)

Cuffmerge(转录本合并)

Cuffdiff(差异分析)

3)转录本构建效果评估

评价指标

多外显子比率

转录本长度

转录本的可变剪接数目

对已知基因的覆盖程度

3、长非编码RNA的鉴定

1)鉴定流程详解

2)如何判断编码或是非编码基因

已有的区分编码RNA和非编码RNA的工具

CPC :算法基于预测基因的开放阅读框

特点:模型不能跨物种,不适用高通量测序得到的RNA

PhyloCSF:算法基于物种间的保守性

特点:依赖于基因组,计算耗时

CNCI:算法基于二联密码子频率

特点:可以扩物种预测,人的模型能用其它各种动物上

附录:运行命令(有条件的同学一定要亲自运行一下这些命令哦!)



 

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相关评论

husilu

nbt例子文章的链接是什么啊

2016-10-14 11:28  引用
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