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癌症基因组重测序分析第六讲

时间:2015-2-3 17:04  来源:测序中国 ( )
摘要:Circos简介、安装及使用...

各位测序粉们,大家好!【从零学测序】系列之癌症基因组重测序分析课程已于本周三圆满结束!在一个多月的时间里,感谢大家的陪伴和支持。另测序君无比感动的是,即使在平安夜和元旦节前夕,依然有上百位的同学坚守在电脑旁,参加我们的课程。在此,小编和主讲老师对大家的支持致以诚挚的感谢!2015年,我们会更加努力,也希望大家一如既往的支持测序中国!现公布癌症基因组重测序分析第六讲视频:circos图形绘制

本课笔记

1、Circos介绍

Circos由加拿大的一位生物信息科学家 Martin Krzywinski 开发

Circos是一个Perl语言开发的自由可视化软件,使用GPL协议分发,以绘制输出圈图(原型)

利用Circos绘制的图形都具有观赏性

2、Circos绘图流程

Circos产生静态图片。这些图片的产生过程是通过一个配置文件来实现的。这个配置文件通常会导入其他配置文件,形成一个个分级结构。设置好这个配置文件,基本上就掌握了circos。

3、Circos安装

小编提示刚入门的同学:不管安装的是哪个版本,一定要先读readme

4、如何配置文件

在circos/etc目录下有些现成的设置会经常用到,从不或很少改变,学会运用这些配置文件对学习circos有很大帮助,也省去了很多麻烦,如colors.conf、fonts.conf等。写配置文件的时候可以直接导入使用。

5、实例绘制初级:核型图绘制

详细教学如何绘制只有染色体的circos图

6、实例绘制中级:数据图绘制

画出基本的核型图之后,就要开始往图里面添加需要显示的数据了。

circos图形典型的有Scatter Plots、Line Plots、Histograms、Heatmaps 、Connectors 、Highlights、Links。

数据数据格式:chr start end value options,options是在数据内部,单单对它所在行的数据进行设置,多项设置用逗号隔开,options可有可无。

7、数据综合绘制

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作者:小小测序君
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