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转录组与长非编码RNA测序分析第五讲

时间:2015-1-6 20:45  来源:测序中国 ( )
摘要:转录本的定量、差异表达分析以及差异基因的功能注释...

本课笔记

1、表达值的定量

1)定量策略

RPKM:reads per kilobase per million mapped reads

FPKM:expected number of fragments per kilobase of transcript sequence per millions base pairs sequenced

TPM:transcript per million

2)定量工具

Range(RPKM)

Cufflinks(FPKM)

Cuffdiff(FPKM)

RSEM(TPM)

转录本表达值or基因表达值,如何选择?

2、差异分析

1)分析工具:

Deseq:

Hypothesis testing

H0:no difference between tow conditions.

Negative Binomial for reads count

Cuffdiff:

Test A.FPKM - B.FPKM with normal distribution

SAMseq:

Nonparametric methods

Mann-Whitney statistic

Need many samples/replicates in conditions

EBseq:

Empirical Bayesian mode(for TPM)

3、功能注释

1)工具:

David Go(For coding genes)

http://david.abcc.ncifcrf.gov/

ncFANs(for lincRNAs)


https://www.bioinfo.org/ncfansv2/


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作者:小小测序君
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