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转录组与长非编码RNA测序分析第七讲

时间:2015-1-21 20:52  来源:测序中国 ( )
摘要:长非编码RNA功能预测的常用方法...


本课笔记

前几节课教给大家如何根据数据分析鉴定lncrna,本课目的在于教大家如何注释功能

一、预测长非编码RNA功能的常用方法

(1)基于lncRNA在基因组的位置

(从已知的编码基因的功能,推测非编码RNA的功能)

需要实验来证实预测

(2)基于lncRNA与protein-coding gene的表达量

基因表达共聚类:lncRNA与protein-coding gene的表达量共聚类

GSEA:lncRNA exp ~protein-coding exp~GO

二、如何构建长非编码RNA的共表达网络

对于每一个基因,计算其与其他基因间的表达相关性;

若两个基因间表达量相关性大于某个阈值 ,且具有一定的显著性,则两个基因之间有一条共表达边;

如何构建共表达网络?

工具地址:http://bioinfo.org/ncfans/

输入表达量的矩阵,选择构建共表达网络

三、如何基于网络预测长非编码RNA的功能

1.基于hub基因的功能预测方法

参考文献:

Haitao Luo et.al.Computational methods to predict long noncoding RNA functions based on co-expression network.Methods In Molecular Biology. 2013

2. 基于基因共表达模块module功能预测方法

工具地址:http://bioinfo.org/ncfans/

输入共表达网络,即可得到功能预测结果

参考文献:

1. Qi Liao, et.al.ncFANs: a web server for functional annotation of long non-coding

RNAs. Nucleic Acids Research, Volume 41, Issue suppl 2,W118-W124, 2011.

2. Qi Liao, et.al.Large-scale prediction of long noncoding RNA functions in a coding-

noncoding gene co-expression network. Nucleic Acids Research, Volume 39, Issue 9,

3864-78,2011

3. Haitao Luo et.al.Computational methods to predict long noncoding RNA functions based on

co-expression network. Methods In Molecular Biology. 2013


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作者:小小测序君
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