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关注 | 两家商业测序公司的癌症基因检测结果差异显著

时间:2016-12-21 11:52  来源:测序中国 ( )
摘要:华盛顿大学Tony Blau带领的研究人员对9名患者接受Foundation Medicine公司的FoundationOne检测和Guardant Health公司的Guardant360检测的结果进行分析,关于患者的肿瘤含有的基因变异或者应该采取的治疗方法,两家检 ......

华盛顿大学Tony Blau带领的研究人员对9名患者接受Foundation Medicine公司的FoundationOne检测和Guardant Health公司的Guardant360检测的结果进行分析,关于患者的肿瘤含有的基因变异或者应该采取的治疗方法,两家检测的结果并不总是一致。初步研究结果发表在《JAMA Oncology》上。

Blau和同事们发现两家公司的检测报告中仅22%的变异相同。虽然一家公司的检测可能揭示更广泛的变异,但研究者表示,造成这种差异的原因是由于肿瘤异质性和公司如何决定所报告变异的差异导致。

作者们写道,我们的研究结果表明,基因检测的结果可能会有显著差异,取决于应用哪种检测。

两个平台的癌症基因检测结果中仅22%的变异相同

虽然FoundationOneGuardant360检测都是对临床癌症样本进行测序,但是两者的检测方法有所不同。FoundationOne是对组织样本中315个癌症相关基因的外显子和28个与重排相关基因的内含子进行测序。而Guardant360是对血液样本中发现的循环游离DNA中的约70个基因进行测序。这两项检测的特异性都超过99%,但敏感性稍低。

Blau等人招募了9名接受过这两项检测的患者。其中5人患有乳腺癌,其他人分别患有胰腺癌、胸腺癌、肺癌和唾液腺癌。

这两项检测都没有发现胸腺癌患者的任何遗传变异,在另外八名患者中共检测到45个突变,但其中只有10个突变,即22%同时被检测到。这八名患者中的两名通过检测发现的突变之间没有重叠。

这两项检测还根据检测结果对患者进行药物推荐。总的来说,这两项检测共推荐了36种药物,对同一患者推荐的药物中仅有9种是相同的,对5名患者推荐的药物中没有重叠的。然而,只分析两项检测报告了相同突变结果的患者时,推荐药物之间的一致性增加至62%

检测结果不一致的潜在原因

研究者们分析了这两项检测结果不一致的许多潜在原因。FoundationOne检测的突变范围比Guardant360更广泛,但研究者没有分析只被FoundationOne捕获的变异。另一个可能的原因是患者接受检测的时间,但8名患者中有7名是在10周内接受了这两种检测。

排除了上述原因后,其他潜在的原因为肿瘤异质性、公司对变异报告标准的差异,以及检测所用样本的差异。

研究人员指出,Guardant360检测通常会报告低频变异。当他们只分析Guardant360检测发现的频率高于1%的变异时,这两种检测之间的一些不一致消失了。

两家公司如何看

Foundation Medicine公司的首席医疗官Vince Miller认为,肿瘤的异质性并不如想象中的那么高。来自同一肿瘤不同位点的样本通常高度一致,而且在大多数情况下,单次活检就可以捕获到关键变异。这项研究中差异产生的原因可能是,肿瘤不以恒定的速率排出细胞并被液体活检方法捕获到。这样的结果让他们坚持使用组织样本进行检测。

相反,Guardant Health公司的高级医学主任、实验室主管Justin Odegaard认为,液体活检捕获的低频变异代表着实体瘤或甚至是转移瘤的异质性。这项研究表明不同的检测方法可能是互补的。两种技术都检测到了对方未检测到的结果,它们可以为患者提供可能的最好的治疗。

参考文献:Comparison of 2 Commercially Available Next-Generation Sequencing Platforms in Oncology. JAMA Oncol. Published online December 15, 2016.doi:10.1001/jamaoncol.2016.4983

 

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作者:小小测序君
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